細胞系培養中常見的生物污染包括細菌污染、霉菌污染、支原體污染、黑點污染、真菌污染和原生動物污染。這些污染在細胞培養中的特點及相應的解決辦法如下：
 
細菌污染
細菌在普通倒置顯微鏡下呈黑色和細砂狀。根據感染菌的種類不同，可能會呈現不同的形狀，培養液一般會變得渾濁、黃色，對細胞生長有明顯影響。
解決方法：仔細檢查器具的滅菌情況，確保通風時間和高壓滅菌器的壓力是否足夠。重要的是，與培養基接觸的移液管等物品如果被污染兩次，則可能會導致儲存溶液也受到污染。所以一定要注意！下次使用前要檢查培養基的渾濁度。此外，建議在培養基中添加抗生素。
 
支原體污染
支原體是隱蔽的污染物，不能通過過濾去除。顯微鏡下沒有任何可見的支原體污染跡象，比如細胞病變和濁度或 pH 值變化（即使在嚴重污染的培養基中），這樣就會導致我們產生錯誤的安全感。而在牛血清中，支原體是最常見的微生物之一。
解決方法：通常的過濾滅菌方法對支原體沒有影響。細胞一旦被支原體污染，特別是對重要的細胞系，必須去除支原體，一般的方法有抗生素治療、抗血清治療和抗血清與補體聯合治療。值得注意的是，支原體最突出的結構特征是沒有細胞壁。因此，它對作用于細胞壁的生物合成抗生素（如 β-內酰胺類、萬古霉素等）完全不敏感，并且通常對多粘菌素、利福平和磺胺類藥物具有耐藥性。相反，四環素類和大環內酯類抗生素對支原體的抑制作用最強，而氨基糖苷類和氯霉素的抑制作用較弱。
 
黑點污染
黑色的游動點能穿透濾膜并在空氣中擴散。它們在低倍鏡下顯示為黑色圓點，在高倍鏡下顯示為可移動的黑色斑點。培養液也不渾濁，一般影響較小，因此細胞仍可使用。通常，黑點污染后，細胞生長良好，運動物體無明顯增加，培養基的顏色和透明度無明顯變化。在同一批血清培養的細胞中也可以發現類似的現象。
解決方法：黑點對細胞生長狀態沒有明顯影響，細胞增殖后會自然消失，因此除了血清置換外，無需特殊處理。細胞系如果細胞可能被小的運動點污染，建議增加培養皿細胞密度，以提高細胞存活率。
 
真菌污染
真菌污染后，培養基一般清澈，保持原色。細絲可以在顯微鏡下觀察到。一些真菌類似于死細胞碎片，但其中許多清晰可見，看起來像珊瑚，比較容易區分。此外，它們會慢慢長出細細的黑色細絲，因為它們生長得比較慢，不像細菌那樣容易被發現，一旦發現培養基被污染，它們將很難存活。
解決方法：一旦被真菌污染，果斷丟棄，然后對細胞房、CO2 培養箱、器皿和培養基進行徹底消毒。
 
原生動物污染
原生動物污染后，細胞培養基變得輕微渾濁。在顯微鏡下，大量的小點來回移動。細胞系雖然此時細胞仍能生長，但繁殖速度減慢，細胞生長狀態不好，邊緣不清，變得不透明。原生動物與細胞形成共生關系。同時，原生動物與細胞競爭營養。這種共生現象非常普遍，但以細胞為主，因為原生動物的數量相對較少，因而對細胞的正常生長沒有影響，只有當它們達到一定數量時，才爆發成為惡性循環。
 
解決方法：原生動物污染的原因有很多，如液體消毒問題、操作問題、環境問題等，如果細胞足夠，果斷丟棄被污染的細胞和復蘇細胞。如果要保留，需要購買使用相關的滅菌試劑。